檢疫處理是指檢驗檢疫機關對經檢疫不合格的動物、動物產品及其他檢疫物所采取的強制性的處理措施。檢疫處理的方式有除害、撲殺、銷毀、退回或封存、不準出境、不準過境等。

　　根據《中華人民共和國進出境動植物檢疫法》的規定，檢疫處理按下列的原則辦理：

　　(一)在輸入動物時，檢出中國政府規定的一類傳染病、寄生蟲病的，其陽性動物與其同群的其它動物全群退回或全群撲殺并銷毀尸體;

　　(二)在輸入動物時，檢出中國政府規定的二類傳染病、寄生蟲病的，其陽性動物退回或撲殺，同群其它動物在動物檢疫隔離場和動植物檢疫機關指定的地點繼續隔離觀察;

　　(三)輸入動物產品和其它檢疫物，經檢疫不合格的，作除害、退回或銷毀處理，處理合格的，準予進境;

　　(四)輸入的動物、動物產品和其它檢疫物檢出帶有一、二類傳染病、寄生蟲病名錄以外的，對農、林、牧、漁業生產有嚴重危害的其它疾病的，由口岸檢驗檢疫機關根據有關情況，通知貨主或其代理人作除害、退回或銷毀處理，經除害處理合格的，準予進境;

　　(五)出境動物、動物產品和其它檢疫物經檢疫不合格或達不到輸入國要求而又無有效方法作除害處理的，不準出境;

　　(六)過境的動物經檢疫發現有我國公布的一、二類傳染病、寄生蟲病的，全群動物不準過境;

　　(七)過境動物的飼料受病原污染的，作除害、不準過境或銷毀處理;

　　(八)過境的動物尸體、排泄物、鋪墊材料及其它廢棄物，須在口岸檢驗檢疫機關的監督下進行無害化處理;

　　(九)對攜帶、郵寄我國規定的禁止攜帶、郵寄物進境的動物、動物產品和其它檢疫物進境的，作退回或銷毀處理;

　　(十)攜帶、郵寄允許通過攜帶、郵寄方式進境的動物、動物產品及其它檢疫物經檢疫不合格而又無有效方法作除害處理的，作退回或銷毀處理;

　　(十一)進境運輸工具上的動物性廢棄物，必須經動植物檢疫機關處理。根據檢疫結果，對需要進行檢疫處理的動物、動物產品和其它檢疫物由口岸檢驗檢疫機關簽發相關 單證 ，通知貨主或其代理人進行檢疫處理，由口岸檢驗檢疫機關監測處理結果，或由口岸檢驗檢疫機關指定的或認可單位的按要求進行處理。